Пошаговая стратегия «Skulls of the Shogun» перенесёт игроков в загробный мир, который, как оказывается, тоже живёт по своим законам и ему не чуждые такие вещи, как, например, бюрократия. Главный герой — отважный генерал, прославленный победами в многочисленных битвах, был предательски убит заговорщиками. Но и на этом его злоключения не закончились, ведь чтобы попасть в мир вечной жизни, нашему герою предстоит прождать огромную очередь. Прямо как в фильме «Битлджус», если кто помнит такую комедию. Только вот наш герой не из робкого десятка и тратить несколько сотен лет на ожидание в очереди не намерен. Да ещё и какой-то злодей выдаёт себя за нашего героя, выставляя его же обманщиком. Генерал решает собрать свою армию нежити и пойти в поход за вечной жизнью. Несмотря на такой серьёзный сюжет, игра доверху заполнена искромётными шутками и многочисленными пародиями. Да и немного легкомысленный мультяшный стиль тоже придаёт игре налёт аркадности. Приготовьтесь встретить на своём пути множество колоритных персонажей, каждый из которых с удовольствием поведует вам о своих приключениях в прошлом и поможет по мере провождения игры.
«Skulls of the Shogun» предлагает классический пошаговый геймплей. Игрокам предстоит побеждать превосходящего по силам противника используя особые умения героев и тактическое преимущество. Отряд бойцов обычно возглавляет сильный герой, а стандартные юниты хоть и слабее, но от их потери игра не закончится, когда как гибель генерала в большинстве случаев означает автоматическое поражение. Всего в игре четыре типа воинов: лучник, конный рыцарь, волшебник и воин с мечом. У всех героев есть особые умения, а маги, в свою очередь, умеют вылечивать воинов и атаковать заклинаниями противников. Игровое поле тоже влияет на геймплей. На некоторых картах будут размещаться здания, захват которых даст возможность вызвать подкрепления. А чтобы заполучить полезных магов, необходимо захватывать храмы. Ещё в игре есть важный для геймплея ресурс — рис. Захватить его можно на полях, а тратиться этот ценный продукт на апгрейды и прочие мелочи.
Особые геймплейные фишки делают игровой процесс «Черепов сёгуна» очень увлекательной пошаговой стратегией. Например, количество ходов тут строго ограничено. Во время игры это заставляет постоянно думать, ведь каждый новый ход уменьшает тактические возможности в дальнейшем. Захватить храм или потратить ход на убийство ослабевшего врага? Занять ли рисовые поля, дабы получать ресурсы, или же отбить у противника здание, приносящее подкрепления? Нужно постоянно взвешивать за и против, чтобы эффективно сражаться. Подобное решение сделано геймплей сложнее, но игровой процесс от этого стал куда интереснее, чем в других похожих стратегиях. Но на этом разработчики не остановились и добавили в игру несколько других фишек. Например, рельеф на поле боя напрямую может влиять на сражения, и для победы порой достаточно занять удачное местоположение. Кроме того, воинов можно прокачивать при помощи поедания черепов поверженных солдат.